工业冷却水系统中，微生物会导致产生生物粘泥、管道腐蚀、缓释阻垢药剂失效等问题，需要加入杀菌剂加以处理。非氧化性杀菌灭藻剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，它不受水中还原物质的影响，较之氧化杀菌剂使用更方便有效。冷却水用的非氧化杀菌剂有胺类、酚类、有机硫类、有机溴类、异噻唑啉酮类、醛类、有机金属类和有机鏻类，目前应用最多的是季铵盐类，其特点是能穿透黏泥和污垢，因此特别适用于产生黏泥和在污泥下滋生厌气菌的灭杀。

目前常用的非氧化杀菌药剂有双氯酚、二氧氰基甲烷、异噻唑啉酮、十二烷基苄基氯化铵、十二烷基二甲基苄基溴化铵、双丁基锡、溴代硝基丙二醇等，一般和氧化杀菌剂、生物分散剂、杀菌增效剂以及其他助剂复配使用。